【国家社会科学基金项目】
林冈，2010，台湾政党政治的发展趋势与对应研究。（2012年结项）
吴清，2015，现代化进程中国民党政权的转型与调适研究。（进行中）
黄平，2014，台湾宗教的跨境流动与海峡两岸关系研究。（进行中）
王伟男，2014，台湾大陆籍配偶群体的政治认同研究。（进行中）

【教育部人文社会科学研究项目】
林冈，2009，美国对台政策的走向分析及对策研究。（2015年结项）
吴清，2009，权力斗争与族群动员：台湾“独立”运动的制度性根源。（2015年结项）

【上海市浦江人才计划项目】
吴清，2010，精英结构的演进与台湾威权体制的转型。（2013年结项）
黄平，2014，台湾宗教的跨境流动与两岸关系研究。
左亚娜，2012，台湾地区选举与两岸关系走向。

【其它】
左亚娜，2011，台湾国家认同转变的理论与实证研究，上海交通大学文科科研创新项目。（2012年结项）
左亚娜，2013，美国亚太再平衡战略视野下的台海安全战略博弈，上海市教育委员会科研创新项目（重点项目）。
黄宗昊，2013，台湾地区的政府体制、政治运作与政策产出：对两岸关系和平发展的启示，上海交通大学文科科研创新项目。