【國家社會科學基金項目】
林岡，2010，台灣政黨政治的發展趨勢與對應研究。（2012年結項）

【教育部人文社會科學研究項目】
林岡，2009，美國對台政策的走向分析及對策研究。（進行中）
吳清，2009，權力鬥爭與族群動員：台灣獨立運動的制度性根源。（進行中）

【上海市浦江人才計劃項目】
吳清，2010，精英結構的演進與台灣威權體制的轉型。（2013年結項）
左亞娜，2012，台灣地區選舉與兩岸關系走向。（進行中）

【其它】
左亞娜，2011，台灣國家認同轉變的理論與實證研究，上海交通大學文科科研創新項目。（2012年結項）
左亞娜，2013，美國亞太再平衡戰略視野下的台海安全戰略博弈，上海市教育委員會科研創新項目（重點項目）。（進行中）
黃宗昊，2013，台灣地區的政府體制、政治運作與政策產出：對兩岸關系和平發展的啟示，上海交通大學文科科研創新項目。（進行中）